結(jié)直腸癌（CRC）是成本最高的健康問題之一，在發(fā)達(dá)國家癌癥相關(guān)死亡率中第二。轉(zhuǎn)移性 CRC 的預(yù)后較差，5 年生存率低于 15%。因此，發(fā)現(xiàn)能夠?qū)崿F(xiàn) CRC 早期診斷、準(zhǔn)確預(yù)后和個(gè)性化治療的分子標(biāo)志物極為重要，這仍是該領(lǐng)域的一項(xiàng)挑戰(zhàn)。許多蛋白質(zhì)已被確定為具有臨床價(jià)值的潛在生物標(biāo)志物，它們幾乎是所有細(xì)胞功能的直接執(zhí)行者。此外，蛋白質(zhì)的顯著多樣性因眾多翻譯后修飾（PTM）而增加，這些修飾可以快速、可逆地響應(yīng)環(huán)境或細(xì)胞內(nèi)刺激，最終將成為有價(jià)值的生物標(biāo)志物候選資源。目前，基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)能夠同時(shí)檢測數(shù)千種蛋白質(zhì)及其表達(dá)變化，從而在疾病等特定條件下提供蛋白質(zhì)組多樣性的全局圖景。

結(jié)直腸癌發(fā)展過程

PTM 是對特定氨基酸的化學(xué)修飾，可調(diào)節(jié)大多數(shù)真核蛋白質(zhì)的構(gòu)象、活性、相互作用、穩(wěn)定性和空間分布，從而作為快速且可逆的開關(guān)，以一種非常 “經(jīng)濟(jì)高效" 的方式執(zhí)行調(diào)節(jié)功能。磷酸化作為細(xì)胞周期、生長、凋亡和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的主要調(diào)節(jié)因子就是一個(gè)例證。越來越多的證據(jù)表明，異常的 PTM 事件與多種人類疾病有關(guān)。事實(shí)上，磷酸化、糖基化、乙?；?、泛素化、甲基化和瓜氨酸化等 PTM 已被證明在 CRC 的發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移中發(fā)揮作用，因此強(qiáng)調(diào)了對 PTM 進(jìn)行全局分析以發(fā)現(xiàn)具有生物學(xué)和治療潛力的靶點(diǎn)的必要性。

Summary of important PTM events and their involved pathways in CRC

由于蛋白質(zhì)組中的大多數(shù) PTM 豐度較低且亞化學(xué)計(jì)量，在沒有預(yù)先富集的情況下，無法有效檢測或定量測量。一般來說，用于全局 PTM 分析方法的富集技術(shù)根據(jù)所涉及的化學(xué)原理可分為兩類：共價(jià)標(biāo)記以及感興趣的 PTM 與其選擇性探針之間的非共價(jià)相互作用。針對每種類型的 PTM，已經(jīng)開發(fā)了基于這兩種化學(xué)類型之一的不同富集策略。隨后，對富集的 PTM 進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析，可以使用質(zhì)譜（MS）解析母離子的特定質(zhì)量位移和子離子的質(zhì)量特征。

磷酸化

蛋白質(zhì)磷酸化通常發(fā)生在絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基上，是最常見的 PTM 之一，通常作為眾多蛋白質(zhì)功能的分子開關(guān)，負(fù)責(zé)信號(hào)通路的許多關(guān)鍵功能。在 CRC 中，大量異常磷酸化與細(xì)胞周期依賴性激酶家族蛋白、凋亡調(diào)節(jié)蛋白、生長因子受體及其下游信號(hào)分子密切相關(guān)。因此，驅(qū)動(dòng) CRC 腫瘤發(fā)生和發(fā)展的磷酸化蛋白質(zhì)是用于早期診斷、化療耐藥和個(gè)體化治療的有價(jià)值的生物標(biāo)志物。傳統(tǒng)的基于抗體的方法，如蛋白質(zhì)免疫印跡（western blotting）、酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）和免疫組織化學(xué)，旨在檢測單個(gè)磷酸化蛋白質(zhì)，但無法對蛋白質(zhì)磷酸化進(jìn)行全局分析或識(shí)別磷酸化位點(diǎn)。在基于 MS 的蛋白質(zhì)組學(xué)時(shí)代，磷酸肽富集和數(shù)據(jù)采集方面的方法學(xué)成果不斷取得進(jìn)展，使得對參與腫瘤發(fā)生和 CRC 發(fā)展的復(fù)雜信號(hào)通路進(jìn)行磷酸化蛋白質(zhì)組分析成為可能。

由于磷酸化蛋白質(zhì)的亞化學(xué)計(jì)量和低豐度，在質(zhì)譜分析之前，需要對磷酸化肽進(jìn)行富集和分離。常用的富集方法包括金屬氧化物親和色譜（MOAC）、固定化金屬離子親和色譜（IMAC）、免疫親和富集和基于結(jié)構(gòu)域的富集。MOAC 和 IMAC 常用于絲氨酸 / 蘇氨酸磷酸化的富集。SIMAC（IMAC 和 MAOC 的組合）進(jìn)一步提高了磷酸肽的富集效率，能夠?qū)ξ⒘繕悠分械娜至姿峄鞍踪|(zhì)進(jìn)行深入分析。由于酪氨酸磷酸化肽約占磷酸肽的 1%，IMAC 和 MOAC 等方法對酪氨酸磷酸化肽的富集效果不佳。相反，一種基于抗體免疫親和的策略已經(jīng)被開發(fā)出來，能夠特異性富集酪氨酸磷酸化肽。此外，受體酪氨酸激酶（RTK）的底物，如 SH2 結(jié)構(gòu)域，也可用于富集含有 SH2 相互作用結(jié)構(gòu)域的酪氨酸磷酸肽。除了在富集技術(shù)上的努力，許多研究還致力于在質(zhì)譜分析之前通過進(jìn)一步分離來降低富集的磷酸肽的復(fù)雜性。常見的分離策略包括強(qiáng)陽離子交換色譜（SCX）、強(qiáng)陰離子交換色譜（SAX）、親水相互作用液相色譜（HILIC）和靜電排斥親水相互作用色譜（ERLIC）。SCX 和 SAX 均基于磷酸肽的電荷分離，而 HILIC 根據(jù)磷酸肽的親水性進(jìn)行分離。ERLIC 通過親水相互作用和靜電排斥將磷酸化肽與非磷酸化肽分離。隨后，富集的磷酸肽可以通過質(zhì)譜結(jié)合成熟的同位素標(biāo)記技術(shù)（如 SILAC、iTRAQ 和 TMT）進(jìn)行鑒定或定量

Schematic process for phosphopeptides enrichment and subsequent fractionation in MS-based phosphoproteomic analysis

特定信號(hào)分子的磷酸化網(wǎng)絡(luò)是 CRC 復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移的有價(jià)值的生物標(biāo)志物?；诹姿峄鞍踪|(zhì)組生物標(biāo)志物的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)分層有助于在輔助化療中進(jìn)行減法操作，以減少毒副作用和第二原發(fā)性腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)。臨床數(shù)據(jù)證實(shí)，低風(fēng)險(xiǎn)的 II 期 CRC 患者無法從輔助化療中獲益，而在低風(fēng)險(xiǎn)的 III 期 CRC 患者中，3 個(gè)月的輔助化療并不遜色于 6 個(gè)月的輔助化療。比較磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究表明，SW480 細(xì)胞中細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶 2（CDK2）在 Tyr15 位點(diǎn)的磷酸化水平比 SW620 細(xì)胞高 3.3 倍。因此，臨床患者隊(duì)列數(shù)據(jù)顯示，CDK2 在 Tyr15 位點(diǎn)的磷酸化是低復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志物。在不久的將來，Tyr15 位點(diǎn)磷酸化 CDK2 水平較高的 II 期 CRC 患者可能無需輔助化療即可安全管理。手術(shù)切除是治療肝轉(zhuǎn)移有效的治療方法，估計(jì) 5 年生存率為 50%；然而，只有約 25% 的患者符合手術(shù)切除條件。轉(zhuǎn)移的早期診斷可以提高轉(zhuǎn)移性 CRC 的（R0）切除率和預(yù)后，目前迫切需要經(jīng)過驗(yàn)證的生物標(biāo)志物。一項(xiàng)針對中國 CRC 患者隊(duì)列的綜合組學(xué)研究表明，基于原發(fā)性腫瘤的磷酸化蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)可以區(qū)分轉(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性 CRC。轉(zhuǎn)移性 CRC 的磷酸化蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的顯著特征是 MHC1 中磷酸化位點(diǎn)的下調(diào)以及 mTOR 信號(hào)通路和糖酵解途徑中磷酸化位點(diǎn)的上調(diào)，這些可能是轉(zhuǎn)移性 CRC 的潛在診斷生物標(biāo)志物和潛在治療靶點(diǎn)。參與抗原加工和呈遞途徑的 MHC1 的磷酸化有可能成為抗腫瘤免疫治療的生物標(biāo)志物和靶點(diǎn)。

KRAS 突變是預(yù)后不良和對抗 EGFR 治療耐藥的重要預(yù)測生物標(biāo)志物，常見于 KRAS 基因外顯子 2 的密碼子 12（G12D）和 13（G13D）。然而，不同的 KRAS 突變似乎與不同的臨床病理特征和對抗 EGFR 治療的不同藥物敏感性相關(guān)，這表明不同的 KRAS 突變會(huì)導(dǎo)致不同信號(hào)通路的激活。Raish 等人利用基于免疫親和富集的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)揭示了 KRAS G12D 和 G13D 等位基因的磷酸酪氨酸特征。結(jié)果表明，兩種 KRAS 突變存在不同的信號(hào)通路和代謝重編程模式。髓鞘蛋白零樣 1（MPZL1）蛋白在 Tyr263 位點(diǎn)的過度磷酸化是 G12D 突變下游的一個(gè)新分子，敲低 MPZL1 與對 EGFR 抑制的敏感性增加有關(guān)。因此，MPZL1 可能作為 KRAS G12D 的生物標(biāo)志物和潛在治療靶點(diǎn)。研究人員越來越多地利用磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)探索新的生物標(biāo)志物，為攜帶 KRAS 突變的 CRC 提供更個(gè)性化的治療選擇。

抗表皮生長因子受體（anti-EGFR）單克隆抗體，如西妥昔單抗和帕尼單抗，是治療 KRAS 野生型轉(zhuǎn)移性 CRC（mCRC）的基石。然而，50% 的 RAS 野生型 CRC 患者對西妥昔單抗耐藥，且目前仍缺乏經(jīng)過驗(yàn)證的西妥昔單抗耐藥生物標(biāo)志物。西妥昔單抗耐藥細(xì)胞的磷酸化蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)顯示，SRC-PRKCD 途徑顯著激活，SRC 抑制劑可逆轉(zhuǎn)西妥昔單抗耐藥。在 SRC 過表達(dá)的結(jié)直腸癌細(xì)胞中，酪氨酸磷酸化網(wǎng)絡(luò)顯示 SRC 與其他酪氨酸激酶途徑（如 MET、EphA2 和 SGK223）之間存在廣泛的相互作用。基于 MS 的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)構(gòu)建的 HGF-MET 信號(hào)網(wǎng)絡(luò)表明，MET 和 SRC 信號(hào)之間存在許多連接節(jié)點(diǎn)。因此，EGFR 下游途徑的激活可能被視為抗 EGFR 單克隆抗體耐藥的關(guān)鍵生物標(biāo)志物，也是逆轉(zhuǎn) CRC 中抗 EGFR 治療耐藥的有效治療靶點(diǎn)。

總之，蛋白質(zhì)磷酸化是 CRC 中用于術(shù)后復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)分層和轉(zhuǎn)移性 CRC 個(gè)體化治療的重要生物標(biāo)志物。然而，目前大多數(shù)關(guān)于磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)生物標(biāo)志物的研究受樣本量小的限制，仍處于臨床前階段。目前基于 MS 的 CRC 磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究已整理在表 1 中。顯然，迫切需要對磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)行更大規(guī)模的前瞻性隊(duì)列研究，以及方法學(xué)優(yōu)化和成本降低，以促進(jìn)其在臨床實(shí)踐中的應(yīng)用。

乙酰化

賴氨酸乙?；腿ヒ阴；莿?dòng)態(tài)且可逆的 PTM，其中乙酰基轉(zhuǎn)移到賴氨酸殘基的 ε- 氨基上。乙酰化的動(dòng)態(tài)平衡由賴氨酸乙酰轉(zhuǎn)移酶（KATs，也稱為組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶）和賴氨酸去乙?；福↘DACs，也稱為組蛋白去乙?；福┱{(diào)節(jié)。50 多年前在組蛋白中描述的賴氨酸殘基乙酰化，會(huì)導(dǎo)致賴氨酸殘基的正電荷中和，誘導(dǎo)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)松散和轉(zhuǎn)錄激活。除組蛋白外，乙?；揎椧泊嬖谟诜墙M蛋白蛋白質(zhì)中，并廣泛參與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期、染色質(zhì)重塑、DNA 修復(fù)和復(fù)制、RNA 剪接、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和運(yùn)輸以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控。越來越多的數(shù)據(jù)表明，乙?；c腫瘤發(fā)生和癌癥進(jìn)展密切相關(guān)。組蛋白乙?；瘜?dǎo)致癌基因和抑癌基因的轉(zhuǎn)錄活性異常，而非組蛋白乙?；瘜?dǎo)致促癌因子和抑癌因子的穩(wěn)定性和活性改變。因此，組蛋白和非組蛋白蛋白質(zhì)的乙?；悄[瘤發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵生物標(biāo)志物，也是治療干預(yù)的潛在靶點(diǎn)。高分辨率質(zhì)譜結(jié)合液相色譜以擴(kuò)大乙?；臋z測范圍，將加深我們對乙?；诎┌Y中作用的理解，并促進(jìn)乙?；律飿?biāo)志物的發(fā)現(xiàn)。

基于 MS 的自下而上蛋白質(zhì)組學(xué)已成為蛋白質(zhì)乙?；臀稽c(diǎn)鑒定的主要方法。蛋白質(zhì)乙?；治龅闹饕魬?zhàn)是乙酰化蛋白質(zhì)的化學(xué)計(jì)量比和豐度較低。因此，乙?；牡母患头蛛x是蛋白質(zhì)乙?；b定和定量的關(guān)鍵步驟。使用抗乙?；嚢彼峥贵w進(jìn)行免疫親和純化富集可提高乙?；?MS 分析的深度。SCX 是常用的分離策略，通常與免疫親和純化富集相結(jié)合。

越來越多的證據(jù)表明，組蛋白乙酰化的失調(diào)與結(jié)直腸癌的發(fā)生和預(yù)后密切相關(guān)，涉及多種失調(diào)的酶，包括 KATs 和 KDACs。對結(jié)直腸癌樣本和配對正常黏膜樣本中組蛋白 PTM 的基于 MS 的分析表明，CRC 中組蛋白 H3 賴氨酸 27（H3K27ac）的乙?；@著增加。一些報(bào)告表明，全局組蛋白乙?；墙Y(jié)直腸癌晚期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、預(yù)后不良和高復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志物。原發(fā)性結(jié)直腸癌組織和肝轉(zhuǎn)移組織中乙酰化組蛋白的蛋白質(zhì)組學(xué)研究，描述了原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移組織中乙?；M蛋白的不同表達(dá)，結(jié)果顯示肝轉(zhuǎn)移中乙酰化組蛋白 H3/H2 在 Lys 19 和 H2B 在 Lys 121 處的變化最大。然而，一些特定乙?；M蛋白的表達(dá)增加與良好的預(yù)后相關(guān)，例如，H3K12ac 和 H3K18ac 是組織學(xué)亞型分化較好的生物標(biāo)志物，H3K56ac 和 H4K16ac 是復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)較低和生存期較長的生物標(biāo)志物。進(jìn)一步明確組蛋白乙?；捌湎掠伟谢蛟?CRC 腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移中的作用，將有助于深入理解組蛋白乙?；诎┌Y生物學(xué)中的意義。

非組蛋白乙?；?CRC 中也起著至關(guān)重要的作用，例如在 p53 中?；?MS 的非組蛋白蛋白質(zhì)乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)表明，IDH1 K224 在轉(zhuǎn)移部位的乙?；斤@著增加，高水平的乙?；?IDH1 與 CRC 中的晚期腫瘤、肝轉(zhuǎn)移和生存率降低顯著相關(guān)。因此，IDH1 乙酰化是 CRC 有前景的生物標(biāo)志物和未來的治療靶點(diǎn)?；?MS 的 EGFR 的 PTM 鑒定出人類 CRC 細(xì)胞中 EGFR 的一種新修飾，K1037 乙?；缮嫌慰寡趸喙δ苊噶蜓踹€蛋白（SRX）調(diào)節(jié)，它抑制 EGFR 磷酸化和激活。EGFR 的 PTM 與 EGFR 途徑的激活和抗 EGFR 治療的療效密切相關(guān)，這是逆轉(zhuǎn)西妥昔單抗耐藥的一個(gè)有前景的方向。

組蛋白和非組蛋白蛋白質(zhì)的乙?；?CRC 的重要生物標(biāo)志物，靶向乙?；寞煼?，如組蛋白去乙?；敢种苿℉DACis），在臨床前研究中已顯示出在結(jié)直腸癌治療中的良好應(yīng)用潛力。然而，關(guān)于基于 MS 的結(jié)直腸癌全局乙?；治龅奈墨I(xiàn)仍然稀少，迫切需要在結(jié)直腸癌的分子生物學(xué)研究中更廣泛地應(yīng)用先進(jìn)的特定蛋白質(zhì)組學(xué)方法來研究乙?；?/span>

糖基化

糖基化是最常見的翻譯后修飾之一，包括兩種主要類型的糖基化：發(fā)生在天冬酰胺殘基上的 N - 糖基化和發(fā)生在絲氨酸或蘇氨酸氨基酸殘基上的 O - 糖基化。這是一個(gè)在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔和高爾基體中進(jìn)行的多步酶促過程，參與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、免疫反應(yīng)和癌癥相關(guān)生物學(xué)等多個(gè)生物學(xué)過程。糖基化事件以及糖基化相關(guān)酶系統(tǒng)的失衡與多種病理狀況（如癌癥）相關(guān)，在診斷和治療的生物標(biāo)志物中起著至關(guān)重要的作用。在結(jié)直腸癌中，生長因子受體（如 EGFR）的糖基化會(huì)改變藥物 - 受體相互作用，可能是抗 EGFR 治療耐藥的潛在生物標(biāo)志物，而參與糖基化的 N - 乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶 V 與腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移相關(guān)，可能是診斷和預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物。基于質(zhì)譜的糖蛋白質(zhì)組學(xué)系統(tǒng)地表征糖蛋白的糖基化位點(diǎn)和聚糖結(jié)構(gòu)，有助于我們理解糖基化在結(jié)直腸癌腫瘤發(fā)生和進(jìn)展中的生物學(xué)作用，并發(fā)現(xiàn)用于診斷和治療的生物標(biāo)志物。

糖基化肽的富集是蛋白質(zhì)糖基化全局分析的關(guān)鍵步驟。傳統(tǒng)的富集策略包括凝集素親和色譜和?；瘜W(xué)富集，這些方法通過去除糖鏈結(jié)構(gòu)進(jìn)行簡化，也稱為去糖蛋白質(zhì)組學(xué)，但缺乏關(guān)于聚糖的重要信息。隨著基于 MS 的糖蛋白質(zhì)組學(xué)富集策略和技術(shù)的進(jìn)步，糖型和糖基化位點(diǎn)正成為糖基化鑒定的主要目標(biāo)。新的策略包括同位素靶向糖蛋白質(zhì)組學(xué)（IsoTaG）、N - 連接聚糖和含糖基化位點(diǎn)肽的固相萃?。∟GAG）以及基于硼酸的化學(xué)富集。IsoTaG 能夠在全蛋白質(zhì)組水平表征完整的、代謝標(biāo)記的糖肽，但僅限于培養(yǎng)細(xì)胞樣本。NGAG 能夠表征單個(gè)糖基化位點(diǎn)的聚糖異質(zhì)性，用于系統(tǒng)地表征 N - 糖蛋白質(zhì)組。Yang 及其同事開發(fā)了一種基于硼酸修飾的介孔磁性顆粒的多模態(tài)材料，在富集微量樣本中的糖肽方面非常有效?；?MS 的蛋白質(zhì)糖基化測定的另一個(gè)技術(shù)問題是糖基化后沒有恒定的質(zhì)量位移。因此，需要建立糖基化的質(zhì)量標(biāo)簽，以便使用 MS 識(shí)別糖基化位點(diǎn)。N - 糖基化的質(zhì)量標(biāo)簽通常由 PNGase F 水解或化學(xué)去糖基化產(chǎn)生，而 O - 糖基化的質(zhì)量標(biāo)簽由 β-elimination產(chǎn)生。

Enrichment strategies and mass tags for glycoproteomics.

癌細(xì)胞分泌的糖蛋白和位于細(xì)胞膜表面的糖蛋白是結(jié)直腸癌早期診斷的關(guān)鍵線索。糖蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定了結(jié)直腸癌中糖蛋白的差異表達(dá)，發(fā)現(xiàn)如ICAM1、APMAP、Annexin 4、Annexin 5、Annexin A1和CLCA1等膜結(jié)合糖蛋白是結(jié)直腸癌診斷的敏感且特異的生物標(biāo)志物，這些標(biāo)志物需要在血漿[86–89]中驗(yàn)證。來自血漿中與癌癥相關(guān)的外顯子的FGB）和β2-GP1在結(jié)直腸癌的診斷中比CA199具有更高的靈敏度和特異性。結(jié)直腸癌細(xì)胞的外囊泡糖蛋白質(zhì)組學(xué)顯示，轉(zhuǎn)移細(xì)胞中的O-GlcN 蛋白水平高于非轉(zhuǎn)移細(xì)胞。O-GlcN 的胞外囊泡蛋白可能在腫瘤細(xì)胞中傳遞距離信息的功能，并可成為結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移的潛在生物標(biāo)志物。綜上，糖基化蛋白是結(jié)直腸癌的重要生物標(biāo)志物，而糖基化免疫球蛋白可能是結(jié)直腸癌免疫治療的潛在生物標(biāo)志物和潛在靶點(diǎn)。

總結(jié)

基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)現(xiàn)大量具有 CRC 診斷或治療潛力的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)，多種蛋白質(zhì)翻譯后修飾（PTM）及修飾位點(diǎn)被發(fā)現(xiàn)與 CRC 發(fā)生、發(fā)展和干預(yù)的分子機(jī)制密切相關(guān)。

• PTM 研究范圍與方法：目前關(guān)于 CRC 中 PTM 的研究多集中在磷酸化、乙?；吞腔壬贁?shù)幾種，而其他 PTM（如甲基化、泛素化、瓜氨酸化）作用漸顯，需系統(tǒng)探索更多 PTM 的功能機(jī)制，且當(dāng)前富集策略和質(zhì)譜方法有待改進(jìn)以全面分析每種 PTM。

• PTM 間的相互作用：盡管對多種 PTM 在生物過程中的研究增多，但 PTM 間的串?dāng)_（多種 PTM 的協(xié)調(diào)）未得到充分關(guān)注，雖已發(fā)現(xiàn)一些 CRC 中 PTM 串?dāng)_的證據(jù)（如 PRMTs 和 EGFR 相關(guān)的 PTM 串?dāng)_），但還需進(jìn)一步功能測定來研究其相互作用。

• 臨床轉(zhuǎn)化：大量臨床研究已鑒定出數(shù)千種與疾病相關(guān)的 PTM，但其臨床轉(zhuǎn)化不成熟，作為生物標(biāo)志物的重要性缺乏大規(guī)模臨床試驗(yàn)驗(yàn)證，檢測和富集這些 PTM 的抗體匱乏阻礙了常規(guī)臨床技術(shù)應(yīng)用，研究人員嘗試探索質(zhì)譜（MS）在臨床的應(yīng)用，雖 MS 尚未成為臨床診斷常規(guī)工具，但有望成為測量具有臨床潛力的翻譯后修飾肽和蛋白質(zhì)的有力手段 。

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